Muzej prihodnosti ne bo prostor, kjer obiskovalec samo tiho hodi od vitrine do vitrine. Zasnovan bo kot prostor raziskovanja, pogovora in odkrivanja, v katerem bodo pravi fosili ostali osrednji dokaz preteklosti, sodobne tehnologije pa bodo pomagale razkriti njihove zgodbe.
Osrednja stalna razstava bo predstavljala razvoj življenja od kambrijske eksplozije, ko so se v morjih pojavile številne nove skupine živali, do razvoja človeka. Razstavna zgodba bo temeljila predvsem na slovenskih fosilih, dopolnjevali pa jo bodo izbrani svetovni primerki, potrebni za predstavitev pomembnih evolucijskih dogodkov, ki v slovenskem fosilnem zapisu niso ohranjeni. Tako se bodo lokalne najdbe povezale s širšo zgodovino življenja na Zemlji.
Stalno postavitev bodo dopolnjevale menjajoče se tematske začasne razstave. Te bodo lahko podrobneje predstavljale posamezne skupine organizmov, pomembna najdišča, nove raziskave ali aktualne teme, kot so množična izumrtja, podnebne spremembe in razvoj človeka. Zaradi njih muzej ne bo nikoli povsem enak, obiskovalci pa bodo imeli razlog, da se vanj vračajo.
Pomemben del muzeja bo zbirka slovenskih fosilov, urejena v dostopnih predalih. Obiskovalci bodo lahko predale sami odpirali, primerjali različne fosile, prepoznavali njihove oblike in raziskovali raznolikost nekdanjega življenja. Tako ne bodo le opazovali izbranih primerkov za steklom, ampak bodo doživeli občutek raziskovanja prave paleontološke zbirke. Seveda bodo za takšno uporabo izbrani dovolj trdni primerki ali kakovostne kopije, občutljivejši originali pa bodo ustrezno zaščiteni.
Ob fosilih bodo znanstvene ilustracije, povečani modeli, animacije in tridimenzionalni prikazi. Obiskovalec bo lahko primerjal pravo kost z rekonstrukcijo celotne živali, zavrtel digitalni model lobanje ali pogledal v notranjost primerka, raziskanega z računalniško tomografijo. Obogatena in navidezna resničnost bosta lahko oživili nekdanja okolja, na primer kambrijsko morje, triasni ocean ali ledenodobno pokrajino. Projekt zato predvideva spletno predstavitev, virtualni muzej, prikaze nekdanjih okolij in digitalno zbirko fosilov.
Dolgoročna vizija je, da Kamnik postane pomembna slovenska točka za spoznavanje evolucije, geologije in naravne dediščine. Muzej bo povezoval stalno razstavo, menjajoče se tematske vsebine, raziskovalno zbirko, šolske programe, terenske izlete in naravoslovne tabore. Tako bo hkrati muzej, učilnica, raziskovalni prostor in izhodišče za odkrivanje narave.
